员工停薪留职期间公司交社保，可能因特殊情况或例外情形影响处理结果。
1、用人单位单方面停薪留职，未征得员工同意。此时停薪留职因缺乏协商一致可能被认定无效，公司虽缴纳社保，但无法消除其违法解除或变更劳动合同的法律后果，员工有权要求恢复原工资或解除关系并索赔。
2、停薪留职期间用人单位要求员工完成工作任务。员工实际提供劳动的，双方关系可能不再是单纯停薪留职，而被认定为正常劳动关系，公司除缴纳社保外，还需按正常工资标准支付报酬，社保基数也可能相应调整，影响缴纳金额与方式。
3、职工自愿放弃补缴社保且有书面证明。若员工书面证明自愿放弃公司缴纳社保，且意思表示真实（无欺诈、胁迫等），公司未缴纳社保行为可认定合法；反之，员工仍可主张证明无效并要求补缴。
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员工停薪留职处理社保时，常见错误操作可能损害自身权益。
1、未签书面协议：仅口头约定社保缴纳事宜，公司后期可能否认，导致无据可依，员工权益受损。
2、忽视个人社保查询：停薪留职期间长期不查询社保记录，可能错过公司未按约定缴纳社保的维权时机，影响社保待遇。
3、自愿放弃社保却无书面证明：部分员工短期放弃社保，未签书面证明，后期可能要求补缴或赔偿，公司举证困难易生纠纷。
若发现上述错误或已产生争议，可咨询我为您提供解答，以获得专业法律帮助。
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员工停薪留职期间公司交社保是否合法，需结合双方协商情况及法律规定判断。
双方协商一致且明确约定公司缴纳社保，且约定不违反法律法规强制性规定的，公司缴纳社保合法。
若停薪留职协议未约定社保事宜，或约定员工个人承担但公司实际未缴纳，公司缴纳社保的行为需结合具体情况分析是否合法；
若停薪留职系用人单位单方面决定且未经员工同意，即便公司已缴纳社保，该停薪留职行为本身可能因缺乏协商一致存在瑕疵，但社保缴纳行为本身并不当然违法。

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