您在公司工作期间公司未缴纳社保，您自行以灵活就业身份缴纳后，有权要求公司补偿其应承担的部分。您可以要求公司补偿其应承担的社保费用部分。1.若您与公司存在合法有效的劳动关系：公司作为用人单位，未依法为您缴纳社保，您自行以灵活就业身份缴纳后，可要求公司支付其本应承担的养老保险、医疗保险等社保费用份额。2.若您能提供完整的社保缴纳记录与劳动关系证明：如劳动合同、工资流水、灵活就业社保缴费凭证等，可进一步明确公司应补偿的具体金额。3.若公司因自身原因（非不可抗力）未缴纳社保：公司需全额补偿其应承担的部分，若因您个人原因（如拒绝提供身份信息）导致未缴纳，则可能无法主张补偿。
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针对您在公司工作期间公司未缴纳社保、您自行以灵活就业身份缴纳的情况，以下是可能影响处理的特殊情况或例外情形。1.公司因不可抗力未缴纳社保：若公司因自然灾害、重大疫情等不可抗力导致无法按时缴纳社保，且已向社保部门申请缓缴并获得批准，此时您要求公司补偿的主张可能暂时无法得到支持，需待公司缓缴期满后再行主张。2.您与公司达成其他补偿协议：若您与公司就未缴纳社保事宜签订了书面补偿协议（如公司每月额外支付一定费用替代社保），且协议内容不违反法律规定，您可能无法再主张公司补偿社保费用，需按协议履行。3.当地社保政策允许灵活就业与企业社保衔接：部分地区政策规定，灵活就业社保与企业社保可合并计算缴费年限，若您已通过灵活就业缴纳社保且不影响未来待遇，可能会影响您主张补偿的金额或必要性。
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针对您在公司工作期间公司未缴纳社保、您自行以灵活就业身份缴纳的情况，以下是可能出现的法律风险点。1.诉讼时效风险：根据《民法典》第一百八十八条，普通诉讼时效期间为三年。例如，您2020年1月发现公司未缴纳社保，2024年5月才申请劳动仲裁，此时已超过三年诉讼时效，公司若提出时效抗辩，您的主张可能不被支持。2.证据链不完整风险：若您仅提供灵活就业社保缴费记录，未提供劳动合同或工资流水证明劳动关系，公司可能否认与您存在劳动关系，导致无法主张补偿。例如，您仅能证明自己缴纳了社保，但无法证明与公司存在雇佣关系，仲裁委可能驳回您的请求。
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针对您在公司工作期间公司未缴纳社保、您自行以灵活就业身份缴纳的情况，以下法律依据可支持您要求公司补偿的主张。根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条规定：“社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。”您与公司存在劳动关系，公司负有法定缴纳社保义务。同时，《中华人民共和国社会保险法》第六十条明确：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费……职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴”。您自行以灵活就业身份缴纳社保，替代了公司的法定义务，公司应补偿其本应承担的部分。综上，您要求公司补偿的主张符合上述法律规定，可依法维权。

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